Впервые ученые сообщили о выделении этой разновидности лип в 1830-ых годах, когда в один и тот же период появилась информация об этой липе на территории современного Красноярского края у известного русского ботаника и естествоиспытателя И. Пестова (1833 год) и А. Степанова (1835 год), который был в то время губернатором Енисейской губернии Российской империи. Пестов описывал эту разновидность лип, как невысокие кусты, которые появились в нижней части течения Енисея в 1830-ых годах, однако, местные жители начали эти кусты пересаживать в свои сады, что приводило к гибели дерева. Также Пестов описал те районы, где он обнаружил эту липу. В то же самое время А. Степанов при написании своей книги «Енисейская губерния» описал подробно внешний вид этой разновидности липы.

Однако наиболее полное ботаническое описание этой разновидности лип было сделано В. Нащокиным, в честь которого она впоследствии была названа. Именно Буторина и Нащокин сделали самое подробное описание биологии и экологии липы, а также были проведены исследования ареала распределения. Первой фенологию и экологию липы Нащокина с другими разновидностями лип сравнила Т. Буторина и благодаря ее работе на разнообразие растений вдоль Енисея начали обращать внимание другие ученые, выделяя, в частности, отдельный тип липу Нащокина, которая первоначально была названа красноярской липой.

Во второй половине 20-ого столетия липа Нащокина привлекла внимание ученых со всего СССР, и многие из них проводили экспериментальные исследования в Красноярском крае. Главной целью ученых было найти именно дикорастущие растения, по которым можно было бы определить все отличия этой липы от других. Несмотря на то, что значительно количество ботанических образцов липы Нащокина была утеряна в конце 1990-ых годов, в начале 2000-ых российские ученые продолжили работу по исследованию ареалов дикого распределения этой разновидности лип.