Главным ареалом распределения липы Нащокина являются южные области Сибири. Эту разновидность лип можно найти только на незначительной территории вдоль Енисея вокруг Красноярска. Липу Нащокина можно найти как в смешанных лиственных лесах, так и в сосновых рощах на пограничной территории тайги в пределах Восточного Саяна. В основном липа Нащокина произрастает на высотах всего в 300-500 метров над уровнем моря, т.е. это растение не встречается в горных областях.

Важным отличием этой разновидности лип от других растений своего семейства является ее адаптивность и выносливость. Липа Нащокина относительно хорошо переносит суровые холодные климатические условия Сибири. Первые исследования ученых относительно географической области произрастания и климатических условий были проведены в первой половине 20-ого столетия, в 1938-1958 гг.

Первый участок, где росли в дикой природе липы Нащокина, был найден Буториной и Нащокиным, и располагался в Манском займище, однако, последующие исследования привели к открытию других участков, где было представлено это растение. Именно в этот период эта команда ученых досконально изучила условия произрастания липы Нащокина в дикой местности, доказав, что липа Нащокина может встречаться как и в виде кустарников, так и в виде достаточно высоких плодоносящих деревьев.

Липа Нащокина предпочитает бурые почвы, которые часто встречаются в зоне распространения светлохвойных лесов, которые также отличаются богатой травяной флорой. Рощи липы Нащокина значительно отличаются от рощ других разновидностей лип, поскольку традиционные «спутники» липы, такие как герань Роберта и подлесник, в них отсутствуют. Однако травяной покров в этих рощах является таким же, как в сосновых рощах региона, в частности, встречаются такие растения, как костяника, чина Фролова и осочка.