Можжевельник обыкновенный относится к кипарисовым разновидностям деревьев, и представляет собой кустарник, высота которого может достигать 3-х метров, или дерево, которое вырастает до 12-ти метров. Они обладают плотной кроной, которая имеет форму конуса или яйца. У деревьев мужского пола преобладают узкие кроны, в то время как женские деревья имеют более яйцевидную широкую крону, некоторые ветви которой свисают. У взрослых растений крона окрашена в темно серый или бурый цвет, а молодые побеги имеют красно-бурый цвет и выделяются в кроне растения.

Можжевельник обыкновенный может быть и однодомным, и двудомным растением, хотя чаще встречаются двудомные деревья. Шишки на мужских растениях имеют желтоватый окрас и расположены на дереве в «сидячем» положении, в то время как шишки на женских деревьях окрашены в светло-зеленый цвет, имеют яйцевидную форму и покрыты чешуей. Женские шишки созревают каждый два – три года. В шишках можжевельника обыкновенного обычно находится три семечки желтого цвета. Шишки можжевельника обыкновенного содержат до 40% сахара, а также разнообразные органические кислоты, смолы и масла, включая дубильные и красящие вещества. В связи со своим химическим составом и высокой токсичностью можжевельник часто используется в медицине и косметологии.

Растение можжевельника обыкновенного покрыто небольшими плотными по структуре листьями, длиною всего в один – два сантиметра. Листья можжевельника немного колючие на ощупь, имеют трехгранную форму и окрашены в зеленовато-желтый цвет. Ствол можжевельника обыкновенного зачастую является узким, в разрезе четко выделяются годичные кольца растения. Ядро ствола и ветвей можжевельника имеет серо-коричневый цвет, в то время как заболонь окрашена в белый цвет. Годичные круги можжевельника являются узкими и имеют четкие границы, поэтому легко отличимые в разрезе. По своим свойствам древесина можжевельника обыкновенного отличается от других растений, и обладает высокими механическими древесными качествами.