Если кедр растет в южной части своего ареала, то там он довольно требователен к воздушной и почвенной влаге, о чем говорит приуроченность древостоев к западинам и понижениям. Будучи не очень требовательным к теплу, это дерево предпочитает территории с влажным воздухом. Но кедр может легко расти на местах, где уровень влажности воздуха намного ниже требуемых. Но в этом случае наблюдается высокая влажность почвы.
Растя в самых разных условиях, кедровое дерево формирует отлично развитую корневую систему, которая зачастую носит поверхностный характер. Например, на суглинистых и супесчаных почвах (обязательно дренированных) у кедра развивается такая корневая система, где главный корень выражен очень хорошо. Придаточных корней мало, а стержневой корень растет лишь в первые 30-40 лет. Глубже, чем 80-90 сантиметров в почву он идет редко, как правило, он не выходит за границы гумусного горизонта. Так называемые якорные корни способны проникнуть на глубину 100-150 сантиметров. Вместе с толстыми корневыми лапками они дают прочную опору для мощнейшей надземной части кедра.
Примерно к 40 годам дерева его корневая система обретает основные черты, которые являются характерными только для данной породы. Немного позднее случается лишь утолщение и удлинение корней. Если дереву уже больше 40 лет, то число отростков на корневой системе зависит от условий произрастания и наибольшим оказывается как раз там, где не было никаких помех со стороны других растений. Именно поэтому, если дерево растет на опушке леса, то у него корней в несколько раз больше, чем, например, в насаждениях средней сомкнутости. Если дерево было стеснено в росте, то этот показатель ниже на 8-9 единиц. У деревьев, растущих на опушке, имеется до 11 ответвлений корней, а вот кедры из средне-сомкнутых насаждений имеют всего 6-7, максимум. У свободно стоящих деревьев корни охватывают площадь равномерно, выходя далеко за пределы кроны, а если дерево окружено другими крупными растениями, то большинство корней уходит в почву и только некоторые разрастаются, причем в промежутках между близлежащими кронами.
На сильно увлажненных территориях корневая система кедра бывает такая же, как и на дренированных почвах. Но из-за близкого нахождения грунтовых вод абсолютно весь профиль корней немного укорочен. К тому же могут появиться придаточные корни, образуя несколько ярусов.